Thực trạng miễn thuế TNDN trong giai đoạn đầu hoạt động
Hiện nay, nhằm khuyến khích đầu tư và phát triển khởi nghiệp, Nhà nước có chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu cho các doanh nghiệp mới thành lập, đặc biệt là trong lĩnh vực công nghệ, đổi mới sáng tạo và địa bàn ưu đãi đầu tư. Tuy nhiên, theo thống kê từ Tổng cục Thuế, hơn 35% doanh nghiệp bỏ lỡ quyền miễn giảm thuế do khai sai hồ sơ, nộp thiếu giấy tờ hoặc không thực hiện đúng thủ tục miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu.
Bài viết do Luật Thiên Mã thực hiện, cung cấp chi tiết các điều kiện, thủ tục miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu, hồ sơ cần chuẩn bị và hướng dẫn cách khai báo theo đúng quy định pháp luật hiện hành.
>>> Nhanh tay đặt lịch tư vấn với luật sư của chúng tôi để được giải đáp mọi thắc mắc pháp lý, đảm bảo quyền lợi và sự an tâm cho bạn!
ĐIỀU KIỆN DOANH NGHIỆP ĐƯỢC MIỄN THUẾ TNDN TRONG 3 NĂM ĐẦU THEO NGHỊ QUYẾT 68?
Nghị quyết 68-NQ/TW năm 2025 của Bộ Chính trị nêu nhiều nhóm nhiệm vụ, giải pháp để phát triển kinh tế tư nhân, trong đó đề cập tới việc Đẩy mạnh cải cách, hoàn thiện, nâng cao chất lượng thể chế, chính sách, bảo đảm và bảo vệ hữu hiệu quyền sở hữu, quyền tài sản, quyền tự do kinh doanh, quyền cạnh tranh bình đẳng của kinh tế tư nhân và bảo đảm thực thi hợp đồng của kinh tế tư nhân.
Theo tiết 2.1 tiểu mục 2 Mục III Nghị quyết 68-NQ/TW năm 2025 quy định miễn thuế TNDN cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 3 năm đầu thành lập.
Căn cứ Điều 4 Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa 2017, nguyên tắc chung khi xác định doanh nghiệp nhỏ, doanh nghiệp vừa như sau:
– Doanh nghiệp nhỏ và vừa bao gồm doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa, có số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm không quá 200 người và đáp ứng một trong hai tiêu chí sau đây:
+ Tổng nguồn vốn không quá 100 tỷ đồng.
+ Tổng doanh thu của năm trước liền kề không quá 300 tỷ đồng.
– Doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa được xác định theo lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản; công nghiệp và xây dựng; thương mại và dịch vụ.
HỒ SƠ MIỄN THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP 3 NĂM ĐẦU CẦN CHUẨN BỊ NHỮNG GÌ?
- Văn bản pháp lý chứng minh tư cách pháp nhân
– Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (bản sao có chứng thực hoặc bản scan đối với hồ sơ điện tử);
– Giấy chứng nhận đầu tư (nếu có – với doanh nghiệp đầu tư theo dự án);
– Quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương (với tổ chức không có giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp).
- Văn bản chứng minh đủ điều kiện hưởng ưu đãi miễn thuế
– Tài liệu chứng minh thuộc một trong các diện ưu đãi thuế:
+ Ngành nghề đặc thù: giáo dục, y tế, khoa học – công nghệ, nông nghiệp công nghệ cao…
+ Địa bàn ưu đãi đầu tư: nằm trong danh mục vùng có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn.
+ Dự án đầu tư trong lĩnh vực ưu đãi.
Có thể sử dụng các tài liệu như: giấy chứng nhận dự án ưu đãi đầu tư, bản đồ vị trí đầu tư, quyết định chấp thuận dự án của cơ quan có thẩm quyền,…
- Tài liệu xác định thời điểm bắt đầu được miễn thuế
– Giải trình về thời điểm phát sinh thu nhập chịu thuế lần đầu (có thể là báo cáo tài chính năm đầu có lãi kèm giải trình);
– Biên bản họp HĐQT/Hội đồng thành viên xác nhận thời điểm ghi nhận thu nhập (nếu có);
– Phụ lục theo Mẫu số 03-3A/TNDN ban hành kèm Thông tư 80/2021/TT-BTC – bảng kê các ưu đãi thuế TNDN.
- Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp
– Tờ khai quyết toán thuế TNDN;
– Báo cáo tài chính năm có đề xuất miễn thuế;
– Phụ lục miễn giảm thuế.
Tất cả hồ sơ phải được nộp cùng thời điểm quyết toán thuế năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế.
- Một số giấy tờ khác (tuỳ trường hợp cụ thể)
– Văn bản ủy quyền nộp hồ sơ (nếu uỷ quyền);
– Công văn đề nghị miễn thuế (trong một số trường hợp đặc biệt – nộp kèm theo hồ sơ);
– Các tài liệu liên quan khác theo yêu cầu từ cơ quan thuế trong từng trường hợp cụ thể.
Lưu ý quan trọng:
– Hồ sơ cần được nộp đúng hạn để được áp dụng ưu đãi – thông thường là trước ngày 31/3 năm tiếp theo.
– Nếu không nộp đúng hạn, doanh nghiệp sẽ bị từ chối miễn thuế, dù đủ điều kiện.
THỦ TỤC MIỄN THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP 3 NĂM ĐẦU THỰC HIỆN NHƯ THẾ NÀO?
Bước 1: Tự xác định điều kiện được miễn thuế
Doanh nghiệp cần tự đối chiếu hoạt động kinh doanh, địa điểm đầu tư và dự án của mình với các điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN, cụ thể như:
- Ngành nghề ưu đãi: nông nghiệp công nghệ cao, công nghệ thông tin, giáo dục, y tế, môi trường,…
- Địa bàn ưu đãi đầu tư: vùng có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn theo danh mục của Chính phủ;
- Dự án mới thành lập từ đầu, có thu nhập từ hoạt động sản xuất – kinh doanh.
Lưu ý: Chỉ doanh nghiệp có lãi từ hoạt động sản xuất – kinh doanh mới được bắt đầu tính thời gian miễn thuế.
Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ miễn thuế
Hồ sơ bao gồm các tài liệu chính như:
- Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm (mẫu 03/TNDN);
- Báo cáo tài chính có lãi trong năm phát sinh thu nhập chịu thuế;
- Phụ lục ưu đãi thuế TNDN (mẫu 03-3A/TNDN hoặc 03-3B/TNDN);
- Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp/Giấy chứng nhận đầu tư;
- Văn bản xác định dự án thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi.
Bước 3: Nộp hồ sơ miễn thuế cùng thời điểm quyết toán thuế
- Doanh nghiệp không phải nộp hồ sơ miễn thuế riêng biệt để xin chấp thuận trước;
- Thay vào đó, doanh nghiệp tự kê khai ưu đãi ngay trong tờ khai quyết toán thuế TNDN năm đầu tiên có lãi;
- Nộp qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế (eTax).
Cơ quan thuế sẽ tiếp nhận, kiểm tra sau và có quyền truy thu nếu kê khai sai hoặc không đủ điều kiện.
Bước 4: Theo dõi thông báo và kiểm tra từ cơ quan thuế
- Trong vòng 3–5 năm đầu hoạt động, cơ quan thuế có thể thực hiện hậu kiểm;
- Nếu phát hiện kê khai sai ưu đãi hoặc không đúng điều kiện, doanh nghiệp sẽ bị truy thu số thuế TNDN đã miễn + tiền phạt + tiền chậm nộp.
Bước 5: Tiếp tục áp dụng ưu đãi trong những năm tiếp theo
- Sau thời gian 3 năm miễn thuế, doanh nghiệp được giảm 50% thuế trong 4 năm tiếp theo (nếu đủ điều kiện);
- Doanh nghiệp tiếp tục kê khai theo mẫu phụ lục ưu đãi thuế hàng năm.
Lưu ý đặc biệt:
- Nếu không kê khai đúng thời hạn quyết toán, doanh nghiệp mất quyền miễn thuế;
- Luật không cho phép kê khai bổ sung ưu đãi thuế đã quá thời hạn quyết toán.
>>> Thanh toán ngay hôm nay để nhận được sự hỗ trợ pháp lý chuyên nghiệp từ đội ngũ luật sư giàu kinh nghiệm, giúp bạn vượt qua mọi thách thức pháp luật!
CÁC LƯU Ý QUAN TRỌNG KHI XIN MIỄN THUẾ TNDN 3 NĂM ĐẦU
- Chỉ áp dụng khi có phát sinh thu nhập chịu thuế
- Doanh nghiệp chỉ được tính thời điểm miễn thuế từ năm đầu tiên có lãi từ hoạt động sản xuất – kinh doanh;
- Các năm trước đó dù có doanh thu nhưng lỗ hoặc hòa vốn thì không tính vào thời gian miễn thuế.
- Tự xác định điều kiện ưu đãi – không xin trước
- Pháp luật hiện hành quy định: doanh nghiệp tự xác định điều kiện được miễn, giảm thuế;
- Không cần làm thủ tục xin chấp thuận trước với cơ quan thuế, nhưng phải đảm bảo đúng điều kiện được quy định.
Nếu doanh nghiệp kê khai sai ưu đãi, sẽ bị truy thu thuế + phạt + tiền chậm nộp.
- Phải kê khai ưu đãi đúng thời điểm
- Doanh nghiệp chỉ được miễn thuế nếu khai đúng mẫu và nộp kèm trong kỳ quyết toán thuế đầu tiên phát sinh lãi;
- Nếu không kê khai ưu đãi thuế trong kỳ đầu tiên, thì sẽ mất quyền miễn thuế cho cả giai đoạn.
- Địa bàn và lĩnh vực đầu tư là yếu tố bắt buộc
- Doanh nghiệp phải chứng minh hoạt động đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi (giáo dục, y tế, công nghệ cao, môi trường…);
- Hoặc dự án đặt tại địa bàn có điều kiện KT-XH khó khăn, đặc biệt khó khăn theo danh mục của Chính phủ.
Nhiều doanh nghiệp nhầm lẫn giữa “mới thành lập” và “thuộc lĩnh vực ưu đãi”, dẫn đến kê khai sai.
- Giữ lại toàn bộ hồ sơ chứng minh ưu đãi để hậu kiểm
- Cơ quan thuế có thể thanh tra sau 5 năm;
- Doanh nghiệp phải lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh:
- Điều kiện ưu đãi;
- Báo cáo tài chính các năm;
- Tờ khai quyết toán thuế và các phụ lục liên quan;
- Giấy phép đầu tư, hợp đồng thuê đất, xác nhận địa bàn đầu tư.
CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP VỀ MIỄN THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP 3 NĂM ĐẦU
- Tôi mới thành lập doanh nghiệp, nhưng chưa phát sinh lợi nhuận. Có được miễn thuế không?
➤ Miễn thuế chỉ áp dụng kể từ năm đầu tiên có phát sinh thu nhập chịu thuế, không áp dụng nếu doanh nghiệp vẫn đang lỗ hoặc chưa hoạt động.
- Doanh nghiệp đăng ký ở Hà Nội nhưng có chi nhánh ở khu vực ưu đãi, có được miễn thuế không?
➤ Chỉ chi nhánh hoặc hoạt động tại khu vực ưu đãi mới được áp dụng miễn thuế, trụ sở chính không đủ điều kiện sẽ không được hưởng ưu đãi.
- Doanh nghiệp tôi thuộc lĩnh vực logistics, có được miễn thuế 3 năm đầu không?
➤ Chỉ những lĩnh vực cụ thể như nông nghiệp công nghệ cao, y tế, giáo dục, công nghệ… mới được miễn. Logistics không nằm trong danh mục ưu đãi theo quy định hiện hành.
- Nếu năm thứ hai mới nộp hồ sơ miễn thuế cho năm đầu tiên thì có bị từ chối không?
➤ Có thể bị từ chối miễn thuế năm đầu nếu doanh nghiệp không nộp hồ sơ đúng thời hạn quy định tại thời điểm quyết toán thuế của năm đó.
- Tôi cần xin văn bản xác nhận từ cơ quan thuế về việc được miễn thuế?
➤ Không cần xin trước. Cơ quan thuế sẽ tự động xác nhận miễn thuế dựa trên hồ sơ doanh nghiệp nộp khi quyết toán. Tuy nhiên, có thể làm công văn hỏi đáp nếu muốn chắc chắn.
Chính sách miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu là cú hích quan trọng cho các doanh nghiệp khởi nghiệp và đầu tư. Tuy nhiên, để được hưởng ưu đãi này, doanh nghiệp cần hiểu rõ điều kiện, hồ sơ miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm đầu, và thủ tục nộp đúng chuẩn.
Luật Thiên Mã cam kết đồng hành cùng bạn – từ kiểm tra điều kiện miễn thuế đến soạn hồ sơ và đại diện làm việc với cơ quan thuế.
>>> Đặt lịch tư vấn với luật sư của chúng tôi và trải nghiệm dịch vụ pháp lý uy tín, nơi mọi vấn đề của bạn sẽ được giải quyết hiệu quả và nhanh chóng!
